Unter Linux veruscht FileZilla automatisch die vorhandenen SSH-Keys (~/.ssh) beim Verbindungen mittels SFTP. Sind mehrere Keys vorhanden, wird eine Verbindung aufgrund von zuvielen falschen Verbindungsversuchen nicht möglich sein.

In FileZilla selbst hätte ich keine Einstellung gefunden, um dies zu umgehen. Die einfachste Methode, um die SSH-Keys generell zu ignorieren, ist FileZilla mit einem Custom-SSH_AUTH_SOCK Environment Variable zu starten.

SSH_AUTH_SOCK=/dev/null && filezilla